Við Minjasafnið á Akureyri, í elsta bæjarhlutanum, stendur kirkja byggð 1846. Hún er í senn stærsti safngripur Minjasafnsins og friðuð bygging. Kirkjan var byggð 1846 af Þorsteini Daníelssyni frá Skipalóni (1796-1882), dæmigerð íslensk sveitakirkja úr timbri, íburðarlaus en stílhrein. Í því felst fegurð hennar. Hún var upphaflega á Svalbarði á Svalbarðsströnd en var flutt í Minjasafnsgarðinn 1970 á sömu lóð og fyrsta kirkja Akureyringa stóð áður. Tveir prýðisgripir eru í kirkjunni; ljósahjálmur frá 1688 og altaristafla frá 1806 eftir Jón Hallgrímsson. Messað er í kirkjunni á annan í páskum og annan í jólum.
Minjasafnskirkjan er leigð út til kirkjulegra athafna og tónleika.
Minjasafnskirkjan stendur sunnarlega í einum elsta bæjarhluta Akureyrar, Fjörunni, þar sem lágreist timburhús tóku að rísa á þriðja áratug 19. aldar. Götumynd Fjörunnar er nánast upprunaleg þótt Aðalstræti hafi verið lagt inn Fjöruna og sjórinn færður fjær með uppfyllingum. Nokkur ný hús hafa risið eða verið færð þangað, þar á meðal er Minjasafnskirkjan.
Kirkjan var upphaflega byggð á Svalbarði austan megin Eyjafjarðar árið 1846. Hana byggði Þorsteinn Daníelsson frá Skipalóni. (f. 1796 d. 1882) sem var afkastamikill byggingarmeistari og einn þekktasti kirkjuforsmiður 19. aldar. Hún er gott dæmi um íslenskar sveita kirkjur úr timbri sem reistar voru á Íslandi um miðbik nítjándu aldar. Þær voru flestar, að sögn fyrrum þjóðminjavarðar og forseta Íslands Kristjáns Eldjárn, íburðalausar og litlar en þó stílhreinar og varðveittu mörg einkenni og hlutföll eldri kirkna á Íslandi.
Árið 1957 voru ekki lengur not fyrir þessa litlu kirkju á Svalbarðseyri, sem var bæði orðin of lítil og ástand hennar bágt. Árið 1965 fékk stjórn Minjasafnsins á Akureyri heimild til að veita henni viðtöku og var þá ákveðið að gera við hana og flytja hana á grunn gömlu Akureyrarkirkjunnar (1863-1943). Akureyrarkirkja eldri var vígð 28. júní 1863 og kirkjugarðurinn á Höfðanum í júlí sama ár. Kirkjan þjónaði Akureyringum fram til ársins 1940 er hún var afhelguð og hin nýja Akureyrarkirkja, sem enn er notuð, var vígð. Á hernámsárunum sáu Bretar sér hag að nýta þetta gamla guðshús sem geymslu. Kirkjan var síðan rifin árið 1943.Í 30 ár stóð því engin kirkja á lóðinni uns Minjasafnskirkjan var flutt þangað á vörubílspalli haustið 1970. Eftir miklar viðgerðir var kirkjan vígð á ný 10. desember 1972 og hefur síðan gegnt tvíþættu hlutverki sem safngripur og guðshús.
Fegurð Minjasafnskirkjunnar felst einkum í einfaldleika og látleysi kirkjunnar sem er undirstrikað í hlutföllum og frágangi hennar. Kirkjan er dæmigerð fyrir timburkirkjur sem tóku við af torfkirkjum á 19. öld og það verklag sem þá var ríkjandi. Turnleysið og frágangur á gluggum fast upp við þakskegg er einmitt einkenni á elstu gerð timburkirkna sem byggðar voru frá því um 1830 fram til 1880.Hlutföll kirkjunnar eru einnig í samræmi við íslenskar kirkjubyggingar þessa tímabils. Þannig samsvarar lengd kirkjunnar tvöfaldri breidd hennar og vegghæð er helmingur af hæð upp í mæni. Fleira kemur til, s.s. kórinn sem er einn þriðji af grunnfleti kirkjunnar. Þá er gluggum skipað á samhverfan hátt og miðglugga komið fyrir við kórskil til að undirstrika skilin.Kirkjan er turnlaust timburhús undir einu formi reist með bindingsverki, 10,2 m að lengd og 5 m á breidd. Hún stendur á steyptum og hlöðnum grunni sem er um 35 cm hár.Veggir og þak eru hvortveggja timburklædd. Stoðir eru 2,10 m á hæð en rishæð 2,50 m. Sex bitar liggja þvert yfir kirkjuskipið og eru kambaðir við syllur langveggja. Steyptar tröppur liggja upp að forgarði kirkjunnar, sem er afmarkaður með tveimur hlöðnum torfveggjum en grjóthellur liggja að timburþrepum fyrir framan hvítmálaðar dyr á austurstafni kirkjunnar. Gluggi með sex rúðum er fyrir ofan dyrnar. Fyrir ofan hann hanga tvær kirkjuklukkur á ramböldum sem hvíla á þremur bitum. Efst á mæninum er hvítmálaður trékross. Á hvorri langhlið fast undir þakskeggi eru þrír sex rúðna gluggar en á vesturgafli yfir altari er 12 rúðna gluggi. Hvítmálaðir faldar eru um glugga og vatnsbretti undir þeim. Gengið er beint inn í framkirkju sem er með hvítmáluðu lofti á þremur bitum yfir fremri hluta framkirkjunnar. Í norðvestur horni er stigi sem liggur upp á loftið. Kirkjurýmið er 52,6 m2 og skiptist í framkirkju og kór sem er aðskilið með kórþili og er prédikunarstóll norðan megin. Kirkjubekkir eru báðum megin gangsins sem liggur að altarispalli fyrir miðjum kórvegg. Fyrir framan það eru grátur með píláravirki og knébeði utan með. Altaristafla er yfir altari og gluggi nokkru fyrir ofan það. Orgel er sunnan megin í kór.Kirkjugólf er lagt ómáluðum fjalarborðum sem eru af nokkrum breiddum. Dregill úr kókóstrefjum liggur milli bekkjaraða fram í kór að altarispalli. Hann var settur í kirkjuna í byrjun 21. aldar.
Í tímans rás hefur kirkjan tekið nokkrum breytingum bæði að utan og innan. Í upphafi var ytra byrði kirkjunnar bikað og var svo fram til 1888 þegar hún var hvítmáluð. Nokkru fyrr, eða á milli 1873 og 1876, var kirkjan máluð að innan. Eikarlitur var á kirkjusætum eins og á neðri hluta þilja sem voru hvítar að ofan. Skarsúð kirkjunnar var máluð ljósblá. Stærstu breytingarnar sem orðið hafa á kirkjunni urðu 1885-1888 þegar gert var kirkjuloft fyrir kór og orgel. Við það var bætt við glugganum fyrir ofan hurðina og kirkjuklukkurnar færðar á núverandi stað. Þá var ekki kross á kirkjunni fyrr en 1873. Þó að Minjasafnskirkjan búi ekki yfir miklum kosti kirkjugripa er þar að finna nokkra dýrgripi. Þetta eru ýmist gripir sem fylgdu kirkjunni frá Svalbarði við Eyjafjörð eða komu úr Hrafnagilskirkju og Akureyrarkirkju eldri. Ljósahjálmurinn og altaristaflan eru mestu dýrgripir kirkjunnar, ekki aðeins sökum aldurs heldur einnig vegna þess hve sterkan svip gripirnir setja á kirkjuna.Kirkjunni fylgdi altaristafla máluð af Jóni Hallgrímssyni, málara og önnur kirkjuklukkan, hin er líklega komin frá Miklagarðskirkju í Eyjafirði. Altaristaflan er verk Jóns Hallgrímssonar, málara (1741-1808) gerð fyrir torfkirkjuna á Svalbarði. Hún er yngst varðveittra verka Jóns, ársett 1806. Myndefnið ─ síðasta kvöldmáltíðin ─ er dæmigert fyrir altaristöflur Jóns, þar sem Jesús Kristur situr við borð með ellefu lærisveinum. Lengst til vinstri og aftar stendur Júdas tvístígandi með fullan peningapung í útréttri hendi. Til að undirstrika eðli Júdasar standa hárlokkar upp af kolli hans eins og hann sé með djöfulleg horn. Eins og á öðrum varðveittum altaristöflum Jóns eru tveir lærisveinar yst til vinstri sem kalla mætti síamstvíbura enda eru höfuð þeirra nánast á sama líkama. Vinstra megin hangir rautt klæði úr lofti. Birtu bregður á þann hluta borðsins sem Jesú situr við en geislabaugur er um höfuð frelsarans. Einn lærisveinanna hneigir höfuð á hægri öxl hans.Annar merkilegur gripur er ljóshjálmur úr kopar með tveimur krönsum og eru sex ljósaliljur á hvorum með skál og pípu. Á kúlu neðst er blómakrans en innan í hann er grafið nafnið Marten Mogensen 1688. Upp úr hjálminum reigir tvíhöfða örn höfuð, vængi og stél í sitthvora áttina.