Markmið Minjasafnsins er að safna, varðveita og rannsaka menningarsögulegar minjar, einkum þær sem eru lýsandi fyrir daglegt líf og atvinnuvegi í Eyjafirði. Safninu ber í sýningum sínum að gefa góða innsýn í sögu og menningu héraðsins, og skal veita almenningi og skólanemendum í héraðinu fræðslu.

Í starfi sínu leitast starfsfólk Minjasafnsins á Akureyri við að auka þekkingu fólks í Eyjafirði á sögu þess og uppruna. Minjasafnið stuðlar að því að gera Eyjafjörð eftirsóknarverðan til búsetu og áhugaverðann til heimsókna fyrir ferðamenn.